Nos bebês com insuficiência respiratória hipóxica, os vasos sanguíneos nos pulmões estão contraídos limitando o fluxo de sangue desde o coração até os pulmões ("chamado hipertensão pulmonar”). Em conseqüência, quando o sangre com baixo conteúdo de oxigênio retorna ao coração, evita passar pelos pulmões através das vias fetais e retorna para o corpo (chamado “shunt extra-pulmonar”). Ao inalar óxido nítrico os vasos pulmonares contraídos se relaxam e se produz um aumento do fluxo sanguíneo desde o coração aos pulmões, e uma diminuição na quantidade de sangue que não passa pelos pulmões.
Muitos bebês com insuficiência respiratória hipóxica tem a doença com pulmões irregulares (patchy) isto quer dizer que há zonas no pulmão com um bom fluxo de ar (e por tanto de oxigênio) e zonas onde há pouco ou nada de fluxo de ar. Nas zonas de bom fluxo de ar o intercâmbio de gases se realiza facilmente, o sangue toma o oxigênio do ar inalado e descarrega o dióxido de carbono que será espirado. Nas zonas onde não há fluxo de ar ou este é muito pobre, o intercâmbio de gases não é bom e o sangue passa através dos pulmões sem absorver o oxigênio e sem descarregar o dióxido de carbono. O óxido nítrico é um gás administrado aos pulmões, causando um aumento no fluxo local do sangue nas áreas do pulmão no qual o fluxo de ar é o melhor e onde pode ocorrer o melhor intercâmbio de gases possível.